捕らえられた聖流を救出するために、現れたエンジェルブレイド！その前に立ちはだかる、ダークマザーの大幹部であるクローエとイレーヌの二人！2対1と不利な戦いを強いられてしまうブレイド。絶体絶命のピンチに陥ったその時・・・もう一人のエンジェルブレイドの姿が！
エンジェルエンダーと名乗る彼女は、自分はエンジェルブレイドのプロトタイプだと告げる。そして、エンジェルエンダーの助けもあり、反撃に転じるエンジェルブレイド！二人のブレイドの反撃に一時退散をするしかなくなるクローエとイレーヌ。辛うじて、勝利を手にするエンジェルブレイド。そして、平和が戻った学院に再び忍び寄る不吉な影が・・・。
ネイルカイザーによって、新たな力を得た学院長が聖流を狙い始める！捕らわれた聖流が、変身した学院長に蹂躙の限りを尽くされてしまう！
それを察知した萌奈が、聖流を救出しに向うが・・・！